Mikroorganizmy zasiedlające przewód pokarmowy człowieka wywierają pozytywny wpływ na prawidłową pracę jelit, a także zapobiegają kolonizacji i zakażeniu bakteriami patogennymi. Zaburzenie w składzie mikroflory fizjologicznej jest częstą przyczyną występowania biegunek. W celu przywrócenia jej równowagi można zastosować mikroorganizmy probiotyczne, wybrane szczepy zarówno bakterii, jak i drożdży.

W warunkach fizjologicznych przewód pokarmowy człowieka jest skolonizowany przez mikroorganizmy komensalne, określane mianem prawidłowej mikroflory lub coraz częściej stosowanym w Europie terminem „mikrobiota”. W skład mikrobioty wchodzą wszystkie mikroorganizmy, tj. wirusy, bakterie, a także organizmy eukariotyczne, np. drożdże. Bardzo dużą część mikrobioty stanowią bakterie, których liczba w jelicie grubym osiąga wartość ok. 1014 komórek i tym samym stanowi 10-krotność wszystkich komórek organizmu człowieka. Proces kolonizacji przewodu pokarmowego rozpoczyna się tuż po narodzinach.

W składzie flory fizjologicznej przewodu pokarmowego człowieka można zidentyfikować nawet ok. 1000-1500 gatunków bakterii tlenowych i beztlenowych, przy czym u danego osobnika liczba dominujących gatunków jest zdecydowanie mniejsza i wynosi ok. 150-170. Występowanie konkretnych gatunków jest zależne od czynników osobniczych organizmu gospodarza oraz ulega zmianie w trakcie jego życia. Skład jakościowy drobnoustrojów zasiedlających jelita jest zmienny, a wpływ na to mają liczne czynniki, m.in. wiek, dieta, schorzenia oraz stosowanie leków – w szczególności antybiotyków, które w największym stopniu mogą prowadzić do zaburzeń jakościowych i ilościowych w obrębie mikrobioty, przyczyniając się do wystąpienia biegunek oraz umożliwiając zasiedlenie przewodu pokarmowego przez różne mikroorganizmy patogenne.