Dichlorowodorek oktenidyny jest antyseptykiem o szerokim spektrum zastosowania. Preparaty z oktenidyną zalecane są do stosowania w ranach zakażonych szczepami wielolekooopornymi. W leczeniu ran zakażonych istotne może być połączenie oktenidyny z hialuronianem. Dichlorowodorek oktenidyny może być stosowany z powodzeniem w leczeniu miejscowych ostrych stanów zapalnych gardła. Może też być wykorzystywany w leczeniu wspomagającym grzybicy międzypalcowej, w pielęgnacji kikuta pępowinowego czy też w anyseptyce błony śluzowej pochwy lub żołędzi prącia. Może znaleźć zastosowanie m.in. w leczeniu chorób przyzębia czy też powikłań poekstrakcyjnych, a także w leczeniu endodontycznym.

Pojawiają się również nowe doniesienia na temat możliwości wykorzystania oktenidyny w leczeniu nosicielstwa MRSA, w postaci żelu stosowanego donosowo, czy też m.in. w leczeniu bakteryjnej waginozy. Co ciekawe, wykazano, że oktenidyna może hamować proliferację  komórek raka piersi MCF-7 i raka płuc H1299 poprzez promowanie apoptozy.

Obecnie na polskim rynku dichlorowodorek oktenidyny jest dostępny w postaci: pastylek do ssania, roztworów do stosowania w jamie ustnej, roztworów do irygacji ran, żelów do stosowania na rany, roztworu do stosowania na skórę (preparaty złożone z fenoksyetanolem)

Co istotne, nie przewiduje się wystąpienia specyficznej oporności pierwotnej na preparat zawierający dichlorowodorek oktenidyny i fenoksyetanol ani powstania oporności wtórnej w wyniku aktywności nieswoistej, w przypadku długotrwałego stosowania.